Aleph-D est une organisation secrète dont le but est de gérer la présence et la dissimulation des monstres dans le monde entier. Elle permet aux monstres de s'intégrer tout en les surveillant pour qu'ils ne soient pas un danger pour les humains. Elle réussit à atteindre ce but en quelques années, mais... Un jour, des rebelles firent surface, rejetant les préceptes de l'Aleph-D et voulant démanteler l'organisation. Cela fait maintenant cinq ans qu'une guerre fait rage entre les deux camps, le tout sans que les civils soient conscients de la situation pourtant grave. Dans quel camp serez-vous ?